PCR産物ロングリードシーケンス解析 – PCR-EZ

PCR-EZは、オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ(ONT)を活用したロングリードNGSベースのPCRシーケンス解析サービスで、最大25キロベース(kb)までの精製済みまたは未精製PCR産物の迅速なシーケンシング機能を提供します。従来のシーケンシング技術(サンガーシーケンシングなど)は最大1,000塩基対程度までの鎖長に制限されることが多いのに対し、当社のPCR-EZサービスは、PCR産物の全長をスクリーニングし、1-3営業日以内に包括的なシーケンシングデータを取得する、高スループットで費用対効果の高いソリューションを提供します。

GENEWIZのDropboxネットワークを利用して、サンプルを簡単に提出できます。研究ニーズに応じた高品質なロングリードシーケンス解析で、研究をさらに加速させましょう。

ご注文はこちらから
Promotion banner for Plasmid-EZ services

PCR産物シーケンシング (PCR-EZ)とは？

プラスミド全体シーケンス解析とは、プラスミドDNA (pDNA)として知られるプラスミドの全遺伝情報を網羅的に読み取り、解析することを指します。

PCR産物シーケンシングとは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅されたDNA断片の正確な塩基配列を決定する手法です。ここでいう「PCR産物」とは、PCRによって増幅されたDNA断片のことを指します。このPCR産物をシーケンシング・解析することで、増幅の正確性の確認、変異の検出、遺伝的多様性の特定、さらにはクローニングや遺伝子編集実験の検証が可能になります。また、PCR断片のシーケンシングにより、特定遺伝子の詳細な解析や遺伝的変化の理解が進み、分子診断やライフサイエンス研究のさまざまな分野に貢献します。

PCR産物シーケンシング (PCR-EZ)はどのように行われますか？

PCR産物のシーケンシングは、PCRを用いて標的DNA領域を増幅することから始まります。PCR増幅断片は、シーケンシングの前に、余分なプライマー、ヌクレオチド、酵素を除去するために精製されます。シーケンシングには、一般的にサンガーシーケンシングまたはオックスフォード・ナノポア・テクノロジー(ONT)シーケンシングが用いられます。シーケンシングデータはバイオインフォマティクスツールを用いて解析され、研究者はヌクレオチド配列を正確に読み取り、増幅されたDNAを検証することで、PCR断片内の変異等を検出することができます。この方法により、PCRの結果の確実な確認と、対象DNA領域の正確な特性評価が可能になります。

PCR-EZのワークフロー

Plasmid construction workflow using PCR-EZ.

特長とメリット

  • 最短翌日のスピード納品

    3営業日以内でシーケンシング結果を納品​​

  • 簡単なサンプル提出

    DropBoxまたはコンパクトボックス（着払い）で手軽に提出可能

  • インタラクティブなデータレポート

    シーケンシング結果を直感的に理解できるインタラクティブレポートを提供

  • 高スループットで迅速かつインタラクティブな配列検証のためのPCR産物シーケンシングソリューション
  • 低コストでバイアスのないカバレッジ によりPCR産物を用いた研究開発の妥当性の検証に有効
  • 柔軟なサンプルタイプに対応：精製済み・未精製いずれのPCR産物にも対応
  • 便利なオンライン注文 – GENEWIZアカウントからPCR-EZを直接注文できます

Technology Comparison: Long Read PCR Sequencing

GENEWIZ サービス サンプル テクノロジー リードクオリティ リード長 リード数／リード深度 自動アセンブリ 目的

サンガーシーケンシング

 精製済PCR産物 または 未精製PCR産物 Sanger Higher Quality
★★		 <1000 bp 1–4 —
  • SNP検出
  • 配列確認

PCR-EZ

 精製済PCR産物 または 未精製PCR産物 Oxford Nanopore® Long-read NGS Good Quality
★		 < 25 kb 1,000 標準対応
  • クローンPCRスクリーニング
  • SNP検出

アンプリコンシーケンシング

 精製済PCR産物 PacBio® Long-read NGS Best Quality
★★★		 < 25 kb 100,000 標準対応
  • 全長解析
  • バリアントフェージング
  • 抗体鎖ペア解析

テクニカルリソース

  • Thumbnail for blog titled NGS, PCR, or Sanger Sequencing: An Assay Selection Guide

    ブログ | NGS、PCR、それともサンガーシーケンス？アッセイ選択ガイド

    このガイドでは、PCR＋サンガーシーケンス、qPCR、NGSといった各手法について、プロジェクトの要件に最適なアッセイを決定するための実践的な情報を提供します。また、意思決定を支援するインタラクティブなアッセイ選択ツールもご利用いただけます。

    ブログを読む
  • Thumbnail for Tech Note titled Optimizing Plasmid Preparation to Increase Yield and Reduce Endotoxins

    テクニカルノート | プラスミド調製の最適化：収量向上とエンドトキシン低減

    プラスミドDNA(pDNA)は、バイオ医薬品およびバイオテクノロジーの様々な用途に不可欠ですが、収量を最大化しつつエンドトキシンを最小限に抑えることは用意ではありません。本テクニカルノートでは、細菌増殖条件の最適化、溶解工程の改善、精製プロトコルを改良によりpDNAの収量と純度を高め、一貫した高品質な結果を保証するための戦略を探求します。

    テクニカルノートを読む

Deliverables

  • HTML形式のインタラクティブなレポート
  • コンティグデータ（fastq形式/fasta形式）
  • サンプルレポート（各リード分布によるQC）
  • 各リードのバリエーション情報（.tsv 形式）
  • 生データ（fastaq形式）

NGSプラットフォーム

NGSプラットフォームの詳細やプロジェクトに最適な推奨設定については、「NGS プラットフォーム」ページをご覧ください。なお、GENEWIZではシーケンシングのみのプロジェクトについて、データ出力や品質を保証しておりません。