シングルセルのシークエンシング

ソリューション


細胞集団の特性が均一であったり、類似していることはほとんどありません。従来のバルクRNA-Seqは強力で費用効果の高い解析ツールですが、複雑な環境の中で個々の細胞間に生じる相違を検出することはできません。マイクロ流体力学と分子バーコーディング技術の進歩により、シングルセルの解析に一層の重点が置かれるようになり、不均一な細胞集団の多様性を調べたり、新たな生物学的発見をひも解くことが可能になっています。 

Azenta Life Sciencesは、最新技術である10x Genomics® Chromium™を活用したシングルセル解析ソリューションを提供しています。このプラットフォームをいち早く導入＝米国本社では2016年、国内ラボでは初となる2018年、さらに2022年には、豊富な経験と高い技術力により、国内唯一の10x Genomics グローバルCROプログラムに採択されました。

 
  
 

シングルセルRNA-Seq

トランスクリプトームの不均一性を個々の細胞レベルで解析。Azentaは5’および3’遺伝子発現ライブラリに最も適したワークフローを提供することで、バルクRNAシーケンシングでは見えない細胞の相違を明らかにし、ROSALINDを利用した当社のインタラクティブデータポータルを通じてシークエンシングデータを可視化します。

 

シングルセル ATAC-Seq

数千のシングルセルを同時にプロファイリングすることでエピゲノムにおけるクロマチンのアクセシビリティを同定し、クロマチン構造やDNA結合タンパク質が多様な状態や細胞プロセスの中でどのように遺伝子発現を調節しているのかを明らかにします。

 

シングルセルの免疫プロファイリング

BまたはT細胞受容体中のVH/VLもしくはα/β鎖を物理的にペアリングし、個々のB細胞やT細胞の免疫レパトアを調べると同時に、遺伝子発現やV(D)Jクローンのタイプ、細胞表面のタンパク質発現に関するデータを取得解析します。 

 

細胞表面タンパク質同定・組織からの細胞分散、核抽出にもご対応します。お問い合わせください。

シングルセル シークエンシング ワークフロー 

1. Cell Partitioning

Cells and barcoded beads are isolated in droplets using the 10x Genomics Chromium

2. Library Preparation

Unique barcodes for each individual cell are added to RNA or DNA prior to library preparation 

3. Sequencing

Barcoded libraries are pooled and sequenced on the Illumina platform for high-throughput characterization

4. Data Analysis

Receive custom analysis and visualize results through interactive software, including our data portal powered by ROSALIND for sc / snRNA-Seq projects 

特長と利点


  • Superior Data Quality

    Exceeding manufacturer’s benchmarks


  • Real-Time Project Updates

    Through our online system


  • Ph.D.-Level Support

    At every step

10x Genomics Chromiumをいち早く導入。 最適化したワークフローがプロジェクトの柔軟性、スピード、データの正確さを最大限に高めます。
Illumina NovaSeqを含め、最高のスループットを誇るシークエンシングプラットフォームが費用効果に優れたシングルセルの解析ソリューションを提供します。
細胞や逆転写後のシングルセルエマルジョン（GEM）、バーコード化した10x cDNAライブラリ、あるいは調製済みライブラリという、10xワークフローの異なる段階で試料を受け入れることで、ワークフローの最大限の柔軟性を実現しました。
適切な細胞凍結プロトコルが輸送時における細胞生存性を維持。簡便な試料の発送方法を提供しています。
死細胞の除去にも対応します。シングルセル解析では、細胞サンプルの良し悪しがデータの品質・信頼性に直結します。
シングルセル解析のより上流、新鮮組織からの細胞分散や凍結組織からの核抽出にも条件検討・パイロット実験から対応します。

Technical Resources

Webinar Series | Advancing Transcriptomics: Gene Expression Screening, Single-Cell RNA-Seq, and Beyond

With this two-part webinar series, go beyond traditional transcriptomics and learn about the various NGS approaches available for gene expression analysis. In part 1, we take an in-depth look at various gene expression approaches, including RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, digital spatial profiling, and more. In part 2, we explore the data generated from these approaches and how they can complement each other and confirm findings.

Webinar: Improving Single-Cell RNA-Seq Workflow Efficiency to Scale Clinical Research

In this webinar co-hosted by Azenta Life Sciences and 10x Genomics, learn how Clinical Research Organizations (CROs) provide expertise across the single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) workflow, including sample prep and experimental execution. This enables pharmaceutical and biotech clients to perform single-cell analysis at greater scale, efficiency, and reproducibility for clinical research.

Poster: Highly Multiplexed Single-Cell Transcriptome and Epigenome Profiling of Cryopreserved Tissue Enables Multi-Omic Tissue Characterization in Clinical Settings

Single-cell analysis typically relies upon immediate processing of fresh tissue, presenting limitations for translational and clinical applications. Learn how Azenta’s robust cryopreservation workflow for downstream processing enabled high-quality, single-cell transcriptomic and epigenomic analysis of translational and clinical samples by coupling scATAC-seq and scRNA-seq. 

Tech Note: Add More Life to Your Data: Optimizing Single-Cell RNA-Seq with Dead Cell Removal

Obtaining samples with high cell viability can be difficult for many experiments but is necessary for success on the 10x Genomics® Chromium™ platform. This tech note describes how Azenta scientists used optimized single-cell workflows, including dead cell removal, to overcome low viability and generate high-quality sequencing data.

Webinar: Advancements to the 10x Genomics Chromium™, Single-Cell RNA-Seq System

In this webinar, we review how recent advancements of the 10x Genomics Chromium™ system, coupled with Azenta developmental efforts, can benefit the researcher. In addition, we spotlight the new Single-Cell V(D)J Solution, which can be used in conjunction with single-cell transcriptome profiling to identify pairing of full-length BCR and TCR sequences

Top 3 Factors to Consider Before Starting a Single-Cell Sequencing Project

With several commercial platforms available, high-throughput single-cell sequencing is now more accessible than ever. In this article, we’ll touch upon the 3 most important factors to consider before embarking on your single-cell project to ensure you select the right NGS approach for your research.

Webinar: Towards High Dimensional Sequencing: From Single-Cell to Spatial Omics

In comparison to traditional profiling methods which assess bulk populations, single-cell technologies empower researchers to examine diversity of heterogeneous cell populations and uncover new, and potentially unexpected, biological discoveries. This webinar highlights the unparalleled capabilities of single-cell sequencing.

Case Study: Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Rare Drug-Resistant Cancer Stem Cells

Cell populations are rarely homogeneous and synchronized in their characteristics. Standard RNA-Seq approaches are limited to reporting general expression levels thus omitting minor subpopulation profiles. This study highlights new single-cell RNA sequencing capabilities for identifying rare cells, characterizing their transcriptomes, and discovering potential biomarkers.

NGS Platforms

Azenta is a certified service provider for Illumina and Life Technology NGS platforms. For information on our NGS platforms as well as recommended configurations of your projects, please visit the NGS Platforms page. Azenta does not guarantee data output or quality for sequencing-only projects.



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