デジタル空間プロファイリング

 

デジタル空間プロファイリングでは、ハイプレックス遺伝子発現プロファイリングと免疫組織化学の空間分解能を統合することにより、組織を新たな観点から観察することができます。この技術は、細胞間の相互作用や組織の不均一性、病原性、治療への応答を調べるのに有効です。

NanoString® GeoMx™プラットフォームを用いたデジタル空間プロファイリングを提供する業界初のサービスプロバイダの1社であることは、Azenta Life Scienceの誇りです。この新規技術は、一枚のFFPEや凍結組織切片から、40を超えるタンパク質や100以上のmRNAの同時空間解析を実行します。50を超えるがん関連経路を網羅した、新規の包括的な1800遺伝子を対象にしたがんトランスクリプトームアトラス(CTA)をはじめ、疾患や経路にフォーカスしてキュレートした多数のパネルから選択でき、ご希望に応じてパネルをカスタマイズすることも可能です。  エピジェネティクス や シングルセル のソリューションと合わせ、Azentaはあらゆる角度から遺伝子発現を研究するための最先端の技術を提供しています。


  

形態学的ガイドによる遺伝子発現プロファイリング

Azentaが提供するGeoMxプラットフォーム上でのデジタル空間プロファイリングサービスでは、専門家の眼でキュレートしたNanoStringのプレデザイン パネルの一つを使用し、組織形態学的な免疫蛍光マーカ―と組み合わせ、FFPEや新鮮凍結組織切片での遺伝子・タンパク質発現プロファイリングを実行できます。

Digital Spatial Profiling Stains

1. 切片を染色

タンパク質またはmRNAパネルと免疫蛍光マーカーを用いて組織を染色します。

Digital Spatial Profiling Target Areas

2. 標的領域を定義

GeoMxソフトウェアを用いて対象領域(ROI)を選択します(FAQを参照)。

Photocleave Barcodes

3. バーコードを光切断

UV光を用いてバーコードを切断します。

Separate ROIs

4. ROIを分離

各ROIのバーコードを個別のチューブに回収します。

Analyze Spatial Expression

5. 空間的発現を解析

ROIに特異的なバーコードを定量し、発現プロファイルを作成します。

デジタル空間プロファイリングの応用例

腫瘍学

Oncology

 

  • 腫瘍の不均一性、微小環境、がん幹細胞のプロファイルを解析
  • 腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を特定

 

免疫学

Immunology

 

  • 免疫レパトアをその場で特性判定
  • 正常時および罹病時の状態における免疫応答をプロファイリング

 

神経科学

Neuroscience

 

  • 神経細胞や幹細胞を背景状況に応じてプロファイリング
  • 神経変性疾患における病理の特性を解析

 

病理学

Pathology

 

  • 正常組織や罹病組織における発現変動を多数の遺伝子について同時解析
  • バイオマーカーの発見と特性解析
  • 治療への応答を確認

 

特長と利点

マルチオミクスによるソリューション – 多様な経路をターゲットに、専門家の眼でキュレートしたタンパク質パネルやmRNAパネルから選択、あるいは独自のパネルを作成することが可能

ハイプレックス解析IHC/FISHとハイスループット発現解析の利点を融合、多数の標的タンパク質・RNAを同時に検出

複数のROIを対象手動と自動のフレキシブルなROI選定オプションを活用して、一つの組織スライドから複数のROIを設定

試料を保存対象領域を非浸潤的な手法で解析するため、組織をインタクトな状態に維持し、再染色したり、別の用途に利用することが可能

Webinar | Morphology Driven High-Plex Spatial Analysis of Tissue Microenvironments

In this webinar presented by Douglas Hinerfeld, Ph.D., Director of Product Applications at NanoString, learn how their novel GeoMx platform simultaneously analyzes dozens of proteins and transcripts with high spatial resolution, providing greater insight into biological systems and diseases across a variety of research areas.

Webinar Series | Advancing Transcriptomics: Gene Expression Screening, Single-Cell RNA-Seq, and Beyond

With this two-part webinar series, go beyond traditional transcriptomics and learn about the various NGS approaches available for gene expression analysis. In part 1, we take an in-depth look at various gene expression approaches, including RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, digital spatial profiling, and more. In part 2, we explore the data generated from these approaches and how they can complement each other and confirm findings.

High-Plex Spatial Analysis of Tissue Microenvironments

Webinar | Application of Spatial Genomics for High-Throughput and High-Plex Transcriptional and Proteomic Profiling

In this webinar first presented at Oxford Global's Spatial Biology US: Online conference, learn about the power of spatial genomics as presenter David Corney, Ph.D. presents the use of digital spatial profiling in performing high-plex protein profiling of gastric cancer and high-throughput RNA spatial profiling of urothelial carcinoma utilizing the NanoString® GeoMx™ Digital Spatial Profiler.

High-Plex Spatial Analysis of Tissue Microenvironments

Webinar | New Frontiers in Sub-Cellular Spatial Biology

In this webinar, learn how spatial biology technology enables discovery of unique findings as Dr. Andres Matoso from Johns Hopkins University discusses his research in sarcomatoid urothelial carcinoma and his unique findings utilizing Azenta’s digital spatial profiling (DSP) services.

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