次世代シーケンシング

サンプル提出ガイドライン

DNAサンプル提出ガイドライン

DNAはSpeedVacTMを介して無料で濃縮できます。カラムなどの他の方法を用いた濃縮には追加料金が発生します。

大規模な全ゲノムシーケンシング(>1Gb)

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度:>5µg, >80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:10ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

小規模な全ゲノムシーケンシング

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度:>1 µg, >80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:1ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

ChIP-Seq

  • サンプルの種類:ChIP DNA
  • サンプルの純度:OD 260/280:1.8~2.2
  • 必要量ならびに濃度:> 50 ng
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:20ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:5ng
  • DNAフラグメント長:500 bp~100 bp(メインピーク:200~300 bp)
  • DNAの水またはTEへの再懸濁が必要(< 0.1 mM EDTA)

Agilent SureSelectエクソームエンリッチメントキット、OncoGxOne™ディスカバリがんパネル、TargetGxOne™遺伝子エンリッチメント

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度:>5µg, >80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:250ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:100ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

Ion AmpliSeq™がんホットスポットパネルV2

    (Recommended for gDNA extracted from FFPE samples)
  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度: >1µg
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:10ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

Illumina TruSeqアンプリコンがんパネル

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度: >1µg
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:500ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:250ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

カスタムTargetGxOne™アンプリコンシーケンシング

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度: >1µg
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:10ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

16S MetaVx™パネル

  • サンプルの種類:ゲノムDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度:>1µg, >80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100ng
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:25ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)

FuzeSeq™抗体シーケンシング

  • サンプルの種類:混合ファージミドベクターDNA
  • サンプルの純度:OD260/280:1.8~2.0
  • 必要量ならびに濃度: >1µg
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:100µg
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:10ng
  • 水またはTEへの再懸濁(<0.1mM EDTA)
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RNAサンプル提出ガイドライン

Standard RNA-Seq

  • サンプルの種類:Total RNA(推奨)またはcDNA(>1µg)
  • サンプルの純度:OD260/OD280:1.8~2.2
  • RIN≥7.0(Agilent2100 BioAalyzerまたは同等装置で測定)
  • 必要量ならびに濃度:>3µg (Total RNA向け)、>80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:50ng(ポリA選択法)または150ng(rRNA枯渇法)
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:10ng(ポリA選択法)または100ng(rRNA枯渇法)
  • ヌクレアーゼフリー水への再懸濁
  • 乾燥発送 / 保冷剤を用いた発送にのみ対応

Stranded RNA-Seq

  • サンプルの種類:Total RNA(推奨)またはcDNA(>1µg)
  • サンプルの純度:OD260/OD280:1.8~2.2
  • RIN≥7.0(Agilent2100 BioAnalyzerまたは同等装置で測定)
  • 必要量ならびに濃度:>5µg (Total RNA向け)、>80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:150ng(ポリA選択法とrRNA枯渇法の双方)
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:100ng(ポリA選択法とrRNA枯渇法の双方)
  • ヌクレアーゼフリー水への再懸濁
  • 乾燥発送 / 保冷剤を用いた発送にのみ対応

Small RNA-Seq

    GENEWIZは、小規模なRNA-Seqプロジェクトにおいて、Total RNAまたは精製済みSmall RNAをお引き受けします。
  • Total RNA:1µgのTotal RNA(5 µlのヌクレアーゼフリー水内)
  • 精製済みSmall RNA(1~10 µgのTotal RNAから精製)を分子グレードの水または10 mM Tris-HCL、pH 8.5(< 0.1 mM EDTA)に溶解

Targeted RNA-Seq

  • サンプルの種類:Total RNA(推奨)またはcDNA(>1µg)
  • サンプルの純度:OD260/OD280:1.8~2.2
  • RIN≥7.0(Agilent2100 BioAnalyzerまたは同等装置で測定)
  • 必要量ならびに濃度:>5µg (Total RNA向け)、>80ng/µl
  • 品質管理(QC)を伴う場合の最低必要量:1µg
  • 品質管理(QC)を伴わない場合の最低必要量:500ng
  • ヌクレアーゼフリー水への再懸濁

Single Cell RNA-Seq

  • サンプルの種類:溶液中の細胞または少量のTotal RNA
  • 細胞数をサンプル提出フォームに明記
  • PBS内の細胞については、細胞溶液から直接ライブラリーを精製することが可能。TRIzol内の細胞についてはRNA抽出が必要(細胞数が501~10,000未満の場合は特別RNA抽出が必要となる)
  • Total RNAと溶液中の細胞は双方ともドライアイスを用いて発送
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抽出要件

GENEWIZはいずれの抽出にも最善の努力を尽くしますが、その結果にかかわらず、実施した作業に対して請求をさせていただきます。一部の抽出においては、キット調達のための追加料金がかかります。

FFPEサンプル(DNAおよびRNA)

  • &FFPEスライド4枚以上を推奨、反復がある場合にはスライド2枚以上、反復がない場合はスライド最低1枚
  • それぞれ5um~20umの厚さ
  • 室温で発送、または保冷材を用いて発送

細胞ペレット

  • 最大106 の細胞、最低104 の細胞
  • GENEWIZ NGSでは細胞培養の提供はなし
  • ドライアイスを用いて発送

新鮮凍結組織

  • 最低1mg、理想10mg、最大20mg
  • ドライアイスを用いて発送

ウイルス粒子

  • >1mLの上清
  • ウイルス価>5x109 細胞数/mL
  • ドライアイスを用いて発送

全血(DNA)

  • サンプルあたりチューブ2本(1本はバックアップ用)を推奨
  • 200µl / チューブ
  • 保冷剤を用いて発送

血漿 / 血清

  • サンプルあたりチューブ2本(1本はバックアップ用)を推奨
  • 3~10mL / チューブ
  • ドライアイスを用いて発送

便

  • 50~100mg、最大250 mg
  • ドライアイス / 保冷材を用いて発送

土壌

  • 50~100mg、最大250 mg
  • 室温または保冷材を用いて発送

  • 20mL~100 mL
  • 室温で発送

綿棒

  • サンプルあたりチューブ2本(1本はバックアップ用)を推奨
  • 綿棒1本 / チューブ
  • 室温で発送

固定針生検

  • 最低1本の針生検、3~4本が適量
  • 室温または保冷材を用いて発送

急速凍結針生検

  • 最低1~3mgの組織、最大20mg
  • ドライアイスを用いて発送
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 GENEWIZサンプル品質管理評価

GENEWIZは品質管理(QC)を無償で実施し、24時間以内に結果を報告いたします。

  DNA RNA 作成済みライブラリー
Agilent 2100 BioAnalyzer  

Qubitアッセイ


ゲル電気泳動
   

他の種類のサンプル、または理想分量に達しないサンプルの提出については、当社のプロジェクト管理チームにご相談ください。お客様のプロジェクトを進める方法について模索いたします。

電子メール: Business.Japan@genewiz.com

 

弊社まで配送: 

サンプルには、必ず弊社指定の書類を印刷して同封してください。
次世代シーケンスは、アメリカのラボにて実施しております。サンプルの送付先、送付方法については、弊社までお問い合わせください。
弊社が、梱包資材や国際輸送書類等の国際配送に必要な一式をお客様にごお届けし、お客様サイトにて簡単にサンプル入れて発送していただくことが可能です(集荷手配は弊社にて行います)。
またお客様が下記へ直送していただくことも可能ですし、その他のご対応をご希望のお客様は、弊社までご相談ください。

  
GENEWIZ 
Attn:Next Generation Sequencing 
115 Corporate Boulevard 
South Plainfield, NJ 07080 
USA 
908-222-0711