DNAサンプル提出ガイドライン

DNAは必要に応じてSpeedVacTMにより濃縮種可能です(無料)。カラムやその他方法による濃縮の場合は別途料金がかかります。

全ゲノムシークエンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

ChIP-seq

  • サンプルの種類: 免疫沈降により回収されたDNA断片
  • サンプルの純度 (OD 260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量: >50 ng
  • 最小必要DNA量: 10 ng
  • DNA断片長: 200-300 bpを中心とした、100-800 bpの範囲
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), BE, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

エクソームシークエンシング、OncoGxOne™ Discovery がんパネルおよびTargetGxOne™カスタム遺伝子パネル

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

カスタムTargetGxOne™ アンプリコンシークエンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 100 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

16S rRNA MetaVx™ メタゲノミクスアンプリコンシークエンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 100 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

調製済みのライブラリー

  • サンプルの種類: ライブラリー調製済みのDNA断片(目的、ライブラリー調製に使用したキット、インデックス配列の情報等を明記すること)
  • 推奨濃度: >15 nM
  • 分量: ≥20 ul
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

genoTYPER-NEXT(CRISPRジェノタイピングシークエンシング)

  • サンプルの種類 (推奨): 生体あるいは凍結細胞塊
  • 推奨細胞数: 10 細胞以上
  • 最小必要細胞数: 3x10 細胞以上
  • 輸送方法: ドライアイス
  • ゲノムDNAを提出する場合は以下の通り:
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤
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RNAサンプル提出ガイドライン

標準(ストランド情報なし)/ストランド特異的RNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: >2 µg, >50 ng/µl
  • 最小必要RNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

Small RNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNAもしくは単離精製済みの Small RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: 全RNA: >2 µg, >50 ng/µl, 単離精製済みのSmall RNA: >50 ng, >5 ng/µl
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

ターゲットRNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨 RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: >2 µg, >50 ng/µl
  • 最小必要RNA量: 1 µg
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

Ultra-Low Input RNA-seq

  • サンプルの種類: 溶液(Trizolを推奨)に懸濁した細胞あるいは微量の全RNA
  • 細胞を提出する場合は細胞数及び使用した再懸濁溶液の種類をサンプル提出フォームに明記のこと。
  • 推奨細胞数または推奨量: 1サンプルあたり1,000細胞以上もしくは20 ngの全RNA
  • 輸送方法: ドライアイス

Single Cell RNA-seq

  • サンプルの種類: 凍結した細胞、1サンプルあたり3本
  • 1本は再融解して生存率を確認、1本はそのまま予備として凍結保管、残り1本を送付
  • 細胞の生存率: 再融解後、90%以上
  • 推奨細胞数: 1 ml中、1,000,000細胞
  • 最小必要細胞数: 500 µL中、25,000細胞
  • 再懸濁溶液: 凍結保存液 (例として、20% FBS and 10% DMSOを添加した細胞培養液;詳細はお問い合わせください)
  • 輸送方法: ドライアイス
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未抽出サンプル

全ての抽出作業について最善の努力をいたしますが、結果に関わらず、料金が発生いたします。また一部の抽出にかかるキットの調達には別途料金がかかる場合がございます。

FFPEサンプル

  • 推奨スライド数: 4枚以上のFFPEスライド
  • 最小必要スライド数: 2枚のFFPEスライド
  • 固定済み試料の厚さ: 5µm-20 µm
  • 固定済み試料の大きさ:  150 mm2以上
  • 輸送方法: 常温/凍結済みの保冷剤

細胞ペレット

  • 推奨細胞数: 106 細胞
  • 最小必要細胞数: 104 細胞
  • 輸送方法: ドライアイス

新鮮凍結組織

  • 推奨量: 10 mg
  • 最小必要量: 2 mg
  • 輸送方法: ドライアイス

ウイルス粒子

  • 推奨量: 1 ml以上の上精
  • ウイルス価: 1 mlあたり5x109 細胞以上
  • 輸送方法: ドライアイス

全血

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(1本は予備)
  • DNA抽出の場合、推奨量:500 µl、最小必要量200 µl(サンプル1本あたり)
  • RNA抽出の場合、推奨量:2.5 mL(PAXgene Blood RNA Tubeの使用を推奨)
  • 輸送方法: 新鮮な生体試料は凍結済みの保冷剤を、凍結済み試料はドライアイスを使用

血漿 / 血清

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(1本は予備)
  • 推奨量: 10 ml(サンプル1本あたり)
  • 最小必要量: 5 ml(サンプル1本あたり)
  • 輸送方法: ドライアイス

糞便

  • 推奨量: 100 mg
  • 最小必要量: 50 mg
  • 輸送方法: ドライアイスあるいは凍結済みの保冷剤

唾液

  • 推奨量: 1 ml
  • 輸送方法: ドライアイスあるいは凍結済みの保冷剤

土壌

  • 推奨量: 100 mg
  • 最小必要量: 50 mg
  • 輸送方法: 常温あるいは凍結済みの保冷剤

  • 推奨量: 100 mL
  • 最小必要量: 20 mL
  • 輸送方法: 常温

綿棒

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(綿棒2本をそれぞれ別々のチューブに入れること、うち1本は予備)
  • 輸送方法: 常温

固定済み針生検

  • 推奨サンプル数: 4本
  • 最小必要数: 1本
  • 推奨される注射針のサイズ: 直径1-2 mm; 長さ5 mm以上
  • 輸送方法: 常温あるいは凍結済みの保冷剤

急速凍結済み針生検

  • 推奨量: 10 mg
  • 最小必要量: 3 mg
  • 輸送方法: ドライアイス
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 サンプル受領後の品質確認概要

以下の項目について品質管理(QC)を実施し、サンプル受領後1-2営業日以内に結果を報告いたします。

  DNA RNA 調製済みライブラリー
Agilent BioAnalyzer/TapeStation  

Qubitアッセイ


ゲル電気泳動
   

記載のないアプリケーション・サンプル種、または最低要件に達しないサンプルの提出については、弊社カスタマーサポートスタッフにご相談ください。

電話:048-483-4980
電子メール: NGS.Japan@genewiz.com

 


 サンプル送付方法

サンプルには、60-で始まるオーダーレシートとサンプル情報シートを印刷して同封してください。
サンプル情報シートは印刷版と電子版が必要です。電子版はオンラインご注文システムCLIMS上よりご提出になるか、
ご記入・ご提出で不具合のある場合はエクセル版のサンプル情報シート(こちらよりダウンロード)にご記入の上、NGS.Japan@genewiz.comまでメール添付にてご提出ください。

サンプルの梱包および発送手順の詳細は以下のページに記載しております。
『DNA/RNAサンプルの梱包および国内発送の手順』を表示
 

サンプル発送先:

日本ジーンウィズ株式会社
〒333-0844 埼玉県川口市上青木3-12-18 埼玉県産業技術総合センター508号室 NGS部門
電話:048-483-4980  

 


ご利用前の諸事項

ご利用手順およびサンプル情報シート(必要な項目をクリックしてください。新しいページが開くかファイルがダウンロードできます。)

 

受託サービスご利用上の諸注意

  • ガイドラインの最低要件に満たない場合、およびサンプル調製法、サンプル採取後の保管条件などでご不明な点はご相談ください。
  • シークエンシング品質はライブラリの性質等に影響を受けますので、調製済みライブラリをご提出の場合はデータ量・品質の保証等できかねますこと、ご了承ください。
  • ガイドラインを満たさないサンプルおよび一部のアプリケーション(シングルセル解析、Ultra-Low Input RNA-Seqなど)では、ライブラリ調製不良、シークエンシングデータ量不足等のリスクがございますこと、ご理解、ご了承ください。
  • サンプル情報シートの電子版(CLIMSからあるいはメール添付で提出)および印刷版(サンプルに同梱)が作業開始に必須です。ご提出のない場合は納期の遅延につながりますのでご協力をお願いいたします。
  • ご提出のサンプルの保管期間は解析完了・納品後、約6ヶ月(サンプル受領後、最長9ヶ月)となります。保管期間を過ぎたサンプルはお断りなく弊社の方で処理させていただきます。
  • ご提出サンプルの返却をご希望の場合は、お知らせください(送料実費および手数料を申し受けますことご了承ください)。