次世代シークエンシング

サンプル提出ガイドライン

DNAサンプル提出ガイドライン

DNAは必要に応じてSpeedVacTMにより濃縮種可能です(無料)。カラムやその他方法による濃縮の場合は別途料金がかかります。

全ゲノムシーケンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

ChIP-seq

  • サンプルの種類: 免疫沈降により回収されたDNA断片
  • サンプルの純度 (OD 260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量: >50 ng
  • 最小必要DNA量: 10 ng
  • DNA断片長: 200-300 bpを中心とした、100-800 bpの範囲
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), BE, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

エクソームシークエンシング、OncoGxOne™ Discovery がんパネルおよびTargetGxOne™カスタム遺伝子パネル

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

カスタムTargetGxOne™ アンプリコンシークエンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 100 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

16S rRNA MetaVx™ メタゲノミクスアンプリコンシークエンシング

  • サンプルの種類: ゲノムDNA
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1 µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 100 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

調製済みのライブラリー

  • サンプルの種類: ライブラリー調製済みのDNA断片(目的、ライブラリー調製に使用したキット、インデックス配列の情報等を明記すること)
  • 推奨濃度: >15 nM
  • 分量: ≥20 ul
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤

genoTYPER-NEXT(CRISPRジェノタイピングシークエンシング)

  • サンプルの種類 (推奨): 生体あるいは凍結細胞塊
  • 推奨細胞数: 10 細胞以上
  • 最小必要細胞数: 3x10 細胞以上
  • 輸送方法: ドライアイス
  • ゲノムDNAを提出する場合は以下の通り:
  • サンプルの純度 (OD260/280): 1.8-2.0
  • 推奨DNA量および濃度: >1.5µg, >20 ng/µl
  • 最小必要DNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free), EB, or low TE (<0.1 mM EDTA)
  • 輸送方法: 凍結済み保冷剤
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RNAサンプル提出ガイドライン

標準(ストランド情報なし)/ストランド特異的RNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: >2 µg, >50 ng/µl
  • 最小必要RNA量: 500 ng
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

Small RNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNAもしくは単離精製済みの Small RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: 全RNA: >2 µg, >50 ng/µl, 単離精製済みのSmall RNA: >50 ng, >5 ng/µl
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

ターゲットRNA-seq

  • サンプルの種類: 全RNA
  • サンプルの純度 (OD260/OD280): 1.8-2.2
  • 推奨 RIN値: ≥6.0
  • 推奨RNA量および濃度: >2 µg, >50 ng/µl
  • 最小必要RNA量: 1 µg
  • 再懸濁溶液: 純水(DNase/RNase-free)
  • 輸送方法: ドライアイス

Ultra-Low Input RNA-seq

  • サンプルの種類: 溶液(Trizolを推奨)に懸濁した細胞あるいは微量の全RNA
  • 細胞を提出する場合は細胞数及び使用した再懸濁溶液の種類をサンプル提出フォームに明記のこと。
  • 推奨細胞数または推奨量: 1サンプルあたり1,000細胞以上もしくは20 ngの全RNA
  • 輸送方法: ドライアイス

Single Cell RNA-seq

  • サンプルの種類: 凍結した細胞、1サンプルあたり3本
  • 1本は再融解して生存率を確認、1本はそのまま予備として凍結保管、残り1本を送付
  • 細胞の生存率: 再融解後、90%以上
  • 推奨細胞数: 1 ml中、1,000,000細胞
  • 最小必要細胞数: 500 µL中、25,000細胞
  • 再懸濁溶液: 凍結保存液 (例として、20% FBS and 10% DMSOを添加した細胞培養液;詳細はお問い合わせください)
  • 輸送方法: ドライアイス
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抽出要件

全ての抽出作業について最善の努力をいたしますが、結果に関わらず、料金が発生いたします。また一部の抽出にかかるキットの調達には別途料金がかかる場合がございます。

FFPEサンプル

  • 推奨スライド数: 4枚以上のFFPEスライド
  • 最小必要スライド数: 2枚のFFPEスライド
  • 固定済み試料の厚さ: 5µm-20 µm
  • 固定済み試料の大きさ:  150 mm2以上
  • 輸送方法: 常温/凍結済みの保冷剤

細胞ペレット

  • 推奨細胞数: 106 細胞
  • 最小必要細胞数: 104 細胞
  • 輸送方法: ドライアイス

新鮮凍結組織

  • 推奨量: 10 mg
  • 最小必要量: 2 mg
  • 輸送方法: ドライアイス

ウイルス粒子

  • 推奨量: 1 ml以上の上精
  • ウイルス価: 1 mlあたり5x109 細胞以上
  • 輸送方法: ドライアイス

全血

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(1本は予備)
  • DNA抽出の場合、推奨量:500 µl、最小必要量200 µl(サンプル1本あたり)
  • RNA抽出の場合、推奨量:2.5 mL(PAXgene Blood RNA Tubeの使用を推奨)
  • 輸送方法: 新鮮な生体試料は凍結済みの保冷剤を、凍結済み試料はドライアイスを使用

血漿 / 血清

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(1本は予備)
  • 推奨量: 10 ml(サンプル1本あたり)
  • 最小必要量: 5 ml(サンプル1本あたり)
  • 輸送方法: ドライアイス

糞便

  • 推奨量: 100 mg
  • 最小必要量: 50 mg
  • 輸送方法: ドライアイスあるいは凍結済みの保冷剤

唾液

  • 推奨量: 1 ml
  • 輸送方法: ドライアイスあるいは凍結済みの保冷剤

土壌

  • 推奨量: 100 mg
  • 最小必要量: 50 mg
  • 輸送方法: 常温あるいは凍結済みの保冷剤

  • 推奨量: 100 mL
  • 最小必要量: 20 mL
  • 輸送方法: 常温

綿棒

  • 推奨サンプル数: 1サンプルあたり2本(綿棒2本をそれぞれ別々のチューブに入れること、うち1本は予備)
  • 輸送方法: 常温

固定済み針生検

  • 推奨サンプル数: 4本
  • 最小必要数: 1本
  • 推奨される注射針のサイズ: 直径1-2 mm; 長さ5 mm以上
  • 輸送方法: 常温あるいは凍結済みの保冷剤

急速凍結済み針生検

  • 推奨量: 10 mg
  • 最小必要量: 3 mg
  • 輸送方法: ドライアイス
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 GENEWIZサンプル品質管理評価

GENEWIZは品質管理(QC)を無償で実施し、サンプル受領後24時間以内に結果を報告いたします。

  DNA RNA 作成済みライブラリー
Agilent 2100 BioAnalyzer  

Qubitアッセイ


ゲル電気泳動
   

他の種類のサンプル、または最低要件に達しないサンプルの提出については、弊社カスタマーサポートスタッフにご相談ください。

電話:048-483-4980
電子メール: Business.Japan@genewiz.com

 

サンプル送付について: 

サンプルには、弊社指定のサンプル提出フォームの書類を印刷して同封してください。 

次世代シークエンシングは、アメリカのラボにて実施しております。 

弊社より梱包資材や国際輸送に必要な書類一式をお客様にお届けし、お客様の方ではサンプルをいれていただくだけで済むよう手配をしています。

集荷作業についても弊社の方で手配いたします。 ご質問、ご要望等はお電話あるいは電子メールにてご相談ください。

  

アメリカ本社、サンプル送付先:

GENEWIZ 

Attn:Next Generation Sequencing 

115 Corporate Boulevard 

South Plainfield, NJ 07080, USA 

Tel: +1-908-222-0711