Recommandations relatives à l'envoi d'échantillons d'ADN

Séquençage complet d'un génome de grande taille (> 1 Gb)

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >5µg, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 10 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Small Whole Genome Sequencing

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1 µg, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 1 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Séquençage ChIP

• Type d'échantillon : ADN ChIP
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,2
• Quantité idéale : > 50 ng
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 20 ng
• Quantité minimum sans contrôle qualité : 5 ng
• Longueur des fragments d'ADN : 500-100 bp, crête 200-300 bp
• Remise en suspension de l'ADN dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Kit d'enrichissement exomique Agilent SureSelect, panels de cancers OncoGxOne™ Discovery et enrichissement génétique TargetGxOne™

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >5 µg, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 250 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 100 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel V2

(Recommended for gDNA extracted from FFPE samples)
• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1µg
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 10 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Illumina TruSeq Amplicon Cancer Panel

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1µg
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 500 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 250 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Séquençage d'amplicons personnalisés TargetGxOne™

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1µg
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 10 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Panels 16S MetaVx™

• Type d'échantillon : ADN génomique
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1µg, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100 ng
• Strict minimum sans contrôle qualité : 25 pmol
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Séquençage FuzeSeq™ Antibody

• Type d'échantillon : ADN de vecteur phagémide mélangé
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,0
• Quantité idéale : >1µg
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 100µg
• Strict minimum sans contrôle qualité : 10 ng
• Remise en suspension dans de l'eau ou un tampon TE (EDTA < 0,1 mM)

Recommandations relatives à l'envoi d'échantillons d'ARN

Standard RNA-Seq

• Type d'échantillon : ARN total (de préférence) ou ADNc (>1µg)
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,2
• RIN ≥ 7,0 (mesuré sur la plateforme Agilent 2100 BioAnalyzer ou un équivalent)
• Quantité idéale : >3µg pour l'ARN total, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 50 ng pour la sélection par polyadénylation ou 150 ng pour l'appauvrissement de l'ARNr
• Strict minimum sans contrôle qualité : 10 ng pour la sélection par polyadénylation ou 150 ng pour l'appauvrissement de l'ARNr
• Remise en suspension dans de l'eau sans nucléase
• Livraison sur de la neige carbonique/glace bleue UNIQUEMENT

Stranded RNA-Seq

• Type d'échantillon : ARN total (préféré) ou ADNc (>1µg)
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,2
• RIN ≥ 7,0 (mesuré sur la plateforme Agilent 2100 BioAnalyzer ou un équivalent)
• Quantité idéale : >5µg pour l'ARN total, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 150 ng pour la sélection par polyadénylation et l'appauvrissement de l'ARNr
• Strict minimum sans contrôle qualité : 100 ng pour la sélection par polyadénylation et l'appauvrissement de l'ARNr
• Remise en suspension dans de l'eau sans nucléase
• Livraison sur de la neige carbonique/glace bleue UNIQUEMENT

Séquençage de petits ARN

GENEWIZ accepts total RNA or purified small RNA for small RNA-Seq projects.
• ARN total : 1 µg d'ARN total dans 5 µl d'eau sans nucléase
• Petits ARN purifiés (purifiés à partir de 1-10 µg d'ARN total) dissous dans de l'eau de qualité biologie moléculaire ou 10 mM de Tris-HCL, pH de 8,5 (EDTA < 0,1 mM)

Séquençage ciblé de l'ARN

• Type d'échantillon : ARN total (préféré) ou ADNc (>1µg)
• Pureté de l'échantillon : densité optique 260/280 : 1,8-2,2
• RIN ≥ 7,0 (mesuré sur la plateforme Agilent 2100 BioAnalyzer ou un équivalent)
• Quantité idéale : >5µg pour l'ARN total, > 80 ng/µl
• Quantité minimum avec contrôle qualité : 1µg
• Strict minimum sans contrôle qualité : 500 ng
• Remise en suspension dans de l'eau sans nucléase

Single Cell RNA-Seq

• Type d'échantillon : cellules dans une solution ou petites quantités d'ARN total
• Nombre de cellules clairement indiqué sur le formulaire d'envoi d'échantillons
• Pour les cellules dans un tampon PBS (phosphate salin), nous pouvons préparer des banques directement à partir de la solution cellulaire ; les cellules > 500 dans du Trizol nécessitent l'extraction d'ARN (les cellules <10 000 nécessitent une extraction spéciale d'ARN)
• ARN total et cellules dans une solution livrés sur de la neige carbonique

Conditions requises pour l'extraction

Échantillons FFIP (ADN et ARN)

• ≥ 4 lamelles de tissus FFIP recommandées, ≥ 2 lamelles avec répétitions, 1 lamelle minimum sans répétition
• 5-20 um d'épaisseur chacune
• Livraison à température ambiante/sur de la glace bleue

Culots cellulaires

• Jusqu'à 10⁶ cellules, 10⁴ cellules minimum
• Le séquençage de nouvelle génération GENEWIZ ne permet pas la mise en culture des cellules
• Livraison sur de la neige carbonique

Tissus frais/congelés

• 1 mg minimum, 10 mg idéaux, 20 mg maximum
• Livraison sur de la neige carbonique

Particules virales

• >1 ml de surnageant
• Titre viral > 5 x 10⁹ cellules/ml
• Livraison sur de la neige carbonique

Sang total (ADN)

• 2 tubes/échantillon (un utilisé en secours) recommandés
• 200& amp;micro;l/tube
• Livraison sur de la glace bleue

Plasma/Sérum

• 2 tubes/échantillon (un utilisé en secours) recommandés
• 3-10 ml/tube
• Livraison sur de la neige carbonique

Stool

• 50-100 mg, 250 mg maximum
• Livraison sur de la neige carbonique/glace bleue

Soil

• 50-100 mg, 250 mg maximum
• Livraison à température ambiante/sur de la glace bleue

Eau

• 20-100 ml
• Livraison à température ambiante

Écouvillon

• 2 tubes/échantillon (un utilisé en secours) recommandés
• 1 écouvillon/tube
• Livraison à température ambiante

Biopsie par forage

• 1 biopsie par forage minimum, 3-4 biopsies optimales
• Livraison à température ambiante/sur de la glace bleue

Snap Frozen Needle Core Biopsy

• 1-3 mg de tissus minimum, 20 mg maximum
• Livraison sur de la neige carbonique

 Contrôle de la qualité des échantillons GENEWIZ

GENEWIZ effectue gratuitement un contrôle qualité et communique les résultats au client dans les 24 heures.

Pour toute question sur l'envoi d'autres types d'échantillons ou d'échantillons loin d'être idéaux, veuillez contacter notre équipe de gestion de projets pour savoir si nous pouvons réaliser votre projet.

Téléphone : +1 (908) 222-0711 (poste 3)

E-mail : PM@genewiz.com

Expédition directe (FedEx, UPS) :