Le séquençage de l'ARN est une méthode permettant le profilage du transcriptome qui utilise les technologies de séquençage de nouvelle génération. Le séquençage de l'ARN fournit une analyse complète, quantitative et objective des séquences d'ARN de chaque échantillon.

La technologie de puce à ADN utilise un ensemble prédéfini de sondes pour détecter et quantifier des séquences d'ARN spécifiques. Les puces à ADN sont ainsi capables de détecter une série présélectionnée de transcrits. Le séquençage de l'ARN s'appuie sur les technologies de séquençage de nouvelle génération pour l'identification et la quantification de toute séquence d'ARN dans un échantillon.

Le nombre de lectures nécessaires dépend de la taille du génome, du nombre de gènes connus et des transcrits. GENEWIZ recommande 10 millions de lectures pour les génomes de petite taille (p. ex. bactériens) et 30 millions de lectures pour les génomes de grande taille (p. ex. humains et murins). Un grand nombre de lectures génère plus de données de séquençage, ce qui augmente les chances de détecter des gènes exprimés à des niveaux inférieurs. Veuillez noter qu'un volume suffisant de données de séquençage est nécessaire pour garantir la qualité des résultats d'analyse des données en aval ; un nombre insuffisant de lectures peut générer des résultats impossibles à analyser.

Pour les expériences de séquençage de l'ARN, GENEWIZ recommande une configuration de lecture unique 1 x 50 bp pour les projets d'analyse des niveaux d'expression des gènes, et une configuration de lecture appariée 2 x 100 bp pour les projets d'identification de nouvelles isoformes, tels que des transcrits épissés alternatifs. Une configuration de lecture appariée 2 x 100 bp est également recommandée pour les projets qui nécessitent un nouvel assemblage du transcriptome.

Chez GENEWIZ, nous vous recommandons d'utiliser de l'ARN total. Nous acceptons également l'ADNcdb, l'ARNm, les culots et les cultures cellulaires.

L'équipe de gestion de projets GENEWIZ, composée d'experts techniques spécialisés, est disponible pour vous aider à la conception expérimentale et répondre à toute question pour les projets de séquençage de l'ARN. Vous pouvez contacter notre équipe de gestion de projets par e-mail ou par téléphone au +1-908-222-0711 (poste 3) de 8:00 à 16:00 (HNE).

GENEWIZ fournit des données brutes sous forme de fichiers FASTQ pour tous les projets. GENEWIZ dispose également de capacités bioinformatiques avancées pour fournir des services d'analyse de données en option, notamment les suivants :

• Cartographie de référence et mesure du nombre brut d'occurrences pour identifier les niveaux d'expression de chaque échantillon ;
• Analyse de l'expression des gènes différentiels pour fournir une comparaison statistique des niveaux d'expression entre plusieurs échantillons ;
• Identification de nouvelles isoformes pour détecter les isoformes connues et inconnues, telles que les transcrits épissés alternatifs.

En outre, GENEWIZ propose l'assemblage de novo du transcriptome pour les séquences qui n'ont pas de référence. 

Si vous avez besoin d'une analyse de données personnalisées, veuillez fournir les spécifications d'analyse dans la section Description du projet du formulaire de demande de devis de séquençage de l'ARN.

Veuillez remplir notre formulaire d'envoi d'échantillons pour le séquençage de l'ARN et envoyer vos échantillons sur de la neige carbonique à : 

Oui, GENEWIZ accepte l'ADNcdb comme matière première pour les projets de séquençage de l'ARN. Veuillez noter que GENEWIZ ne peut pas effectuer de contrôle qualité complet lors de l'utilisation d'ADNcdb. Nous avons besoin d'au moins 1 µg d'ADNcdb à une concentration de ≥ 50 ng/µl.

Oui, GENEWIZ accepte l'ARNm comme matière première. Cependant, nous ne pouvons pas effectuer de contrôle qualité avant de lancer le processus de construction de banques. Nous demandons plus de 20 ng d'ARNm pour commencer. Les échantillons doivent être élués ou remis en suspension dans de l'eau sans nucléase.

Les spécifications suivantes s'appliquent aux échantillons d'ARN total :

• Quantité totale : ≥ 5 µg 
• Concentration : ≥ 80 ng/µl
• Densité optique 260/280 : 1,8-2,2
• Remise en suspension dans de l'eau sans nucléase

Oui, GENEWIZ peut séquencer des banques prêtes à l'emploi. Veuillez envoyer au moins des banques d'un volume de 15 µl à une concentration de 10 nM sur de la neige carbonique.

GENEWIZ utilise généralement une méthode de sélection par polyadénylation pour enrichir les transcrits d'ARN des échantillons eucaryotes. Dans certains cas, il est plus efficace d'appauvrir l'ARN ribosomique (ARNr) comme méthode alternative à la sélection par polyadénylation. Par exemple, l'ARN total d'espèces présentant une grande quantité d'ARN devrait bénéficier de l'appauvrissement de l'ARNr. En outre, si vous devez détecter plusieurs types d'éléments non codants, tels que des ARNnc courts et longs, nous vous recommandons d'utiliser la méthode d'appauvrissement de l'ARNr.

Pour tous les projets, GENEWIZ appauvrit l'ARNr des échantillons procaryotes.

GENEWIZ garantit la remise du nombre de lectures sélectionné pour vos échantillons. À titre indicatif, la garantie de remise est de 120 millions de lectures par canal sur la plateforme Illumina HiSeq 2500 en mode rapide et 250 millions de lectures par canal en mode haut débit.

Il se peut que GENEWIZ soit capable de travailler avec moins de matières premières. Veuillez nous indiquer les spécifications de votre projet dans la section Description du projet du formulaire de demande de devis de séquençage de l'ARN.

GENEWIZ vous informe lors de la réception des échantillons et la confirmation des résultats du contrôle qualité. Ensuite, GENEWIZ fournit des mises à jour hebdomadaires tout au long de la durée de votre projet.

Le nombre brut d'occurrences est acquis en comptant le nombre de lectures alignées sans ambiguïté sur une caractéristique génomique particulière, généralement un gène ou un transcrit.

La protection de la propriété intellectuelle et la confidentialité des clients sont d'une importance capitale chez GENEWIZ. Les clients sont assurés de la sécurité et la confidentialité de tous les projets réalisés avec GENEWIZ. Pour plus d'informations, veuillez consulter la politique de confidentialité GENEWIZ.

Les génomes qui n'ont pas été séquencés avant doivent être assemblés de novo après le séquençage.

L'assemblage de novo peut présenter un défi bioinformatique, en particulier pour combler tout écart restant suivant l'assemblage de séquences.

Lors du processus d'assemblage, vous obtenez de grandes séquences d'ADN nommées contigs, formées à partir de lectures de séquence se chevauchant. Comme le séquençage de nouvelle génération fonctionne en séquençant l'acide nucléique fragmenté, les écarts existent entre les contigs.

Le reséquençage ciblé est une application du séquençage de nouvelle génération qui vous permet d'enrichir les régions du génome que vous souhaitez séquencer.

La taille des génomes complets peut être très grande. Le reséquençage ciblé vous permet de supprimer des zones sur lesquelles vous ne souhaitez pas en savoir plus afin que la taille de votre cible initiale soit plus petite. Comme la sortie reste constante pour une plateforme et une configuration de séquençage de nouvelle génération particulières, une plus petite taille de cible vous donne la possibilité de multiplexer plus d'échantillons en un seul cycle ou d'effectuer le séquençage à une plus grande profondeur de couverture.

La capacité de multiplexage accrue rend le projet plus rentable, car vous séquencez plus d'échantillons en un seul cycle (réduisant ainsi considérablement le coût par échantillon).

Une plus grande profondeur de couverture rend l'analyse plus sensible. La sensibilité supérieure vous permet de détecter des mutations à basse fréquence rares de façon plus efficace. En outre, elle aide à la résolution de régions génomiques plus complexes (p. ex. riches en GC ou en AT).

Le séquençage de l'exome est un type de reséquençage ciblé. Cependant, la taille de la cible est significativement plus grande que la plupart des analyses ciblées personnalisées. C'est pourquoi le séquençage de l'exome offre les mêmes avantages que le séquençage complet du génome.

Il existe principalement deux types de reséquençage ciblé : l'enrichissement ciblé et le séquençage d'amplicons. L'enrichissement ciblé détecte les régions d'intérêt en utilisant des amorces suivant la création de la banque génomique complète. En revanche, le séquençage d'amplicons amplifie les régions ciblées directement à partir d'ADN génomique non fragmenté dans une réaction d'ACP hautement multiplexée. Par ailleurs, plusieurs techniques d'enrichissement ciblé et de séquençage d'amplicons ont été conçues par différentes entreprises, telles que Illumina, Agilent et Life Technologies.

Le processus de conception d'analyses peut avoir un niveau de complexité allant du plus faible au plus élevé.

Les éléments essentiels du processus de conception sont notamment les suivants :

• Choix entre le séquençage d'amplicons et l'enrichissement ciblé
• Sélection de la meilleure analyse/technologie de séquençage d'amplicons ou d'enrichissement
• Détermination de la meilleure conception pour des régions/gènes particuliers (p. ex. un ensemble de régions complexe ou riche en GC serait traité différemment d'un ensemble simple)

GENEWIZ possède une grande expérience dans la conception d'analyses ciblées, ce qui a été démontré par le développement en interne de plusieurs panels propriétaires optimisés pour des applications spécifiques (p. ex. les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery optimisés pour la recherche sur le cancer).

GENEWIZ excelle notamment dans les domaines suivants :

• Expérience éprouvée avec les complexités de la conception d'analyses
• Expertise dans la consultation sur les projets et l'assistance technique
• Expérience et disponibilité de toutes les principales technologies de ciblage
• Techniques bioinformatiques avancées propriétaires pour la détection des variations du nombre de copies
• Techniques bioinformatiques avancées propriétaires pour la détection des réarrangements de gènes

Les applications sont notamment les suivantes :

• Découverte de mutations génétiques courantes et rares, y compris les mutations ponctuelles, les insertions/délétions, les variations du nombre de copies et les réarrangements de gènes
• Caractérisation d'associations génétiques à un phénotype particulier, tel que l'état pathologique ou la réaction à un médicament
• Typage et classification de lignées cellulaires, telles que les cellules eukaryotes et prokaryotes
• Découverte d'anticorps, à partir de banques à exposition sur phage et de la sélection in vitro
• Tests génétiques, tels que les analyses pharmacogénomiques ou oncologiques

Pour plus d'informations, veuillez contacter un chef de projet à l'adresse PM@genewiz.com.

Les panels de cancers sont des panels de gènes prédéfinis qui utilisent le séquençage de nouvelle génération pour séquencer les gènes spécifiques au cancer de façon sélective.

Les applications sont notamment les suivantes :

• Analyse des mécanismes du cancer
• Découverte de mutations somatiques rares, y compris des facteurs du cancer
• Découverte de biomarqueurs
• Découverte de cibles thérapeutiques
• Stratification des patients dans les essais cliniques

Le séquençage complet du génome nécessite un très haut débit de séquençage pour pouvoir générer même une profondeur de couverture moyenne. Les données générées, bien que complètes, ne permettent pas la détection de mutations avec autant de sensibilité que la méthode ciblée.

Le séquençage de l'exome est une approche ciblée qui cible environ 1-2 % du génome complet. Par conséquent, vous pouvez générer plus de données et donc une plus grande profondeur de couverture pour obtenir une sensibilité supérieure.

Les panels de cancers ciblent uniquement un petit pourcentage de ce que le séquençage de l'exome cible. La profondeur de couverture est alors encore plus composée, ce qui rend la sensibilité de l'analyse suffisamment élevée pour détecter de façon efficace même les mutations les plus rares. C'est un élément crucial pour le cancer, car les mutations somatiques, qui se sont souvent avérées être des facteurs du cancer, ont tendance à se produire à très basse fréquence.

Il existe principalement deux types de panels de cancers proposés par GENEWIZ :

1. Les panels de points chauds de cancers

2. Les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery

Les modèles TruSeq Amplicon Cancer Panel et Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel sont des panels de points chauds de cancers.

Les panels de points chauds de cancers ciblent les régions de 48-50 gènes qui ont été bien définies comme des points chauds mutationnels. Il s'agit souvent d'une petite partie des exons de ces gènes. Les gènes analysés sont généraux pour de nombreux types de cancers différents. La technologie utilisée pour le ciblage est le séquençage d'amplicons, qui hybride les amorces prédéfinies pour flanquer les régions d'intérêt directement à de l'ADN génomique non fragmenté dans une réaction d'ACP hautement multiplexée. Les panels de points chauds de cancers peuvent fournir des informations sur les mutations ponctuelles et les petites insertions/délétions.

Les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery ciblent l'ensemble des exons, séquences non traduites et introns pour lesquels il existe des points de cassure de translocation connus de 150-400 gènes environ. Le nombre précis de gènes varie entre les 19 panels. Chaque panel est spécifique à un type de cancer. La technologie utilisée pour le ciblage est l'enrichissement ciblé, qui hybride les amorces biotinylées prédéfinies à une banque génomique entièrement préparée afin de dérouler les régions d'intérêt. Les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery peuvent fournir des informations sur les mutations ponctuelles, les insertions/délétions, les variations du nombre de copies et les fusions de gènes.

Ces deux options ont leurs avantages et inconvénients. Par exemple, les panels OncoGxOne™ Discovery sont plus complets, mais plus longs à générer des données et plus coûteux.

Un chef de projet expert sera heureux de discuter de ces options avec vous afin de déterminer la méthode optimale pour votre projet et votre situation.

Les principales caractéristiques sont les suivantes :

• Panels spécifiquement conçus pour chaque type de cancer
• Gènes du cancer et régions génomiques édités par des experts choisis après l'exploration et l'analyse approfondies de la documentation et des bases de données
• Panels de cancers les plus complets du marché
• Détection des mutations somatiques à basse fréquence rares
• Détection des variations du nombre de copies et des fusions de gènes en plus des mutations ponctuelles et des insertions/délétions

Pour obtenir la liste des gènes des panels de cancers OncoGxOne™ Discovery et Hotspot, veuillez contacter un chef de projet à l'adresse PM@genewiz.com ou votre représentant commercial local.

Pour tous les projets, des données brutes sous forme de fichiers FASTQ seront fournies.

Pour les projets de panels de points chauds de cancers, vous recevrez également un rapport détaillant les mutations ponctuelles et les insertions/délétions détectées dans vos échantillons. Celui-ci est inclus dans tous les projets.

Pour les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery, vous pouvez recevoir éventuellement un rapport détaillant les mutations ponctuelles, les insertions/délétions, les variations du nombre de copies et les fusions de gènes.

De plus, vous pouvez demander un rapport personnalisé. Pour cela, veuillez spécifier votre demande dans la section Description du projet du formulaire.

Si vous avez d'autres questions, veuillez nous contacter à l'adresse PM@genewiz.com et un chef de projet expert sera heureux de travailler avec vous.

Les panels de cancers OncoGxOne Discovery  sont les panels de gènes propriétaires GENEWIZ, spécifiquement conçus pour l'analyse complète des aberrations génomiques de chaque principal type de cancer.

Les panels de cancers OncoGxOne Discovery ont de nombreuses applications possibles, notamment les suivantes :

• Études sur les mécanismes du cancer, par exemple, l'identification des nouvelles mutations pilotes
• Découverte de cibles thérapeutiques
• Découverte de biomarqueurs
• Stratification des patients dans les essais cliniques
• Informations pour le traitement personnalisé du cancer

Les principales caractéristiques des panels de cancers OncoGxOne Discovery sont les suivantes :

• Panels spécifiquement conçus pour chaque type de cancer
• Gènes du cancer et régions génomiques édités par des experts choisis après l'exploration et l'analyse approfondies de la documentation et des bases de données
• Plus complets que tous les autres panels de gènes spécifiques au cancer disponibles sur le marché
• Détection des variations à basse fréquence
• Détection des quatre types d'aberrations génomiques (mutations ponctuelles, insertions/délétions, fusions de gènes et variations du nombre de copies)

Un panel de cancers OncoGxOne Discovery type contient environ 250 gènes spécifiques au cancer (notamment tous les gènes pilotes connus du cancer), variables d'un panel à l'autre et allant de 150 à 350 gènes environ. La sélection des gènes du cancer pour chaque panel est effectuée après l'exploration approfondie de la documentation et des bases de données, l'édition par des experts et l'analyse détaillée pour s'assurer de la validité, de l'exhaustivité et de la pertinence scientifiques. Les sources de données utilisées pour l'exploration des données sont notamment toutes les principales bases de données contenant des gènes du cancer, telles que COSMIC, CGC, TCGA, CGAP/Mitelman, OMIM, HMD, TTD et DrugBank, les panels de cancers accessibles au public et les publications majeures.

Actuellement, GENEWIZ peut analyser les 19 principaux types de cancers :

• Cancer de la vessie
• Cancer du cerveau
• Cancer du sein
• Cancer du col de l'utérus
• Cancer colorectal
• Caner de l'endomètre
• Cancer de l'œsophage
• Cancer de l'estomac
• Cancer de la tête et du cou
• Cancer du rein
• Leucémie
• Cancer du foie
• Cancer du poumon
• Lymphome
• Mélanome
• Cancer ovarien
• Cancer du pancréas
• Cancer de la prostate
• Cancer de la thyroïde

GENEWIZ peut également développer sur demande des analyses pour d'autres types de cancers.

• Délais d'exécution plus rapides
• Coût réduit
• Détection de variations à plus basse fréquence
• Détection de fusions de gènes survenant dans les régions d'introns
• Détection plus efficace de variations du nombre de copies

Spécifiquement conçus : chaque panel de cancers OncoGxOne™ Discovery a été spécifiquement conçu pour analyser un cancer particulier, tandis que les panels de cancers standard sont des panels de gènes généraux, contenant de nombreux gènes qui peuvent ne pas être pertinents pour le type de cancer d'intérêt.

Plus complet : un panel de cancer OncoGxOne™ Discovery type contient ~ 250 gènes du cancer, tandis que les panels de cancers standard contiennent uniquement ~ 50 gènes. En outre, parmi ces 50 gènes environ, nombre d'entre eux peuvent ne pas être pertinents pour le type de cancer d'intérêt. 

Les panels de cancers GENEWIZ OncoGxOne™ Discovery analysent les exons de gènes et peuvent être personnalisés pour analyser des régions d'introns spécifiques sur demande. En revanche, les panels de cancers standard analysent uniquement un nombre limité de points chauds. 

Détection de plusieurs types d'aberrations génomiques : grâce à nos techniques bioinformatiques et de conception de panels propriétaires, les panels de cancers OncoGxOne™ Discovery peuvent détecter les quatre types d'altérations génomiques (mutations ponctuelles, insertions/délétions, fusions de gènes et variations du nombre de copies), tandis que les panels de cancers standard peuvent uniquement repérer les mutations ponctuelles et les insertions/délétions.

GENEWIZ utilise l'analyse par sonde de capture SureSelect pour l'enrichissement ciblé de séquences. Nous utilisons la plateforme MiSeq/HiSeq pour la génération de données.

Afin de détecter les fusions de gènes, GENEWIZ conçoit des sondes SureSelect près de chaque site de fusion connu potentiel et utilise des techniques bioinformatiques efficaces pour identifier les sites et partenaires de fusion de gènes. Pour évaluer la détection des variations du nombre de copies, nous utilisons des gènes témoins et blancs témoins générés à partir des données d'échantillon groupées du client, ainsi que des méthodes bioinformatiques propriétaires. Nous pouvons également utiliser des échantillons témoins (généralement un échantillon de sang fourni par le client) provenant du même sujet afin d'améliorer la précision. De plus, nous proposons un service d'amplification en chaîne par polymérase quantitative comme autre méthode d'analyse des variations du nombre de copies.

Oui, nous pouvons fournir à nos clients potentiels la liste de tous nos panels de cancers. Nous pouvons également mettre en évidence ces gènes avec leurs régions d'introns couvertes. La liste des gènes est régulièrement mise à jour et nous pouvons y ajouter des gènes supplémentaires à la demande de nos clients.

L'exome est défini ici comme l'ensemble des régions codantes (exons codants) du génome humain entier.

Le séquençage de l'exome est l'enrichissement ciblé puis le séquençage complet de l'exome. Le séquençage de l'exome est potentiellement l'outil le plus puissant utilisé par la communauté de recherche pour l'identification de variations génétiques associées à un phénotype, comme une maladie.

Le séquençage complet du génome nécessite un très haut débit de séquençage pour pouvoir générer même une profondeur de couverture moyenne. Les données générées, bien que complètes, ne permettent pas la détection de mutations avec autant de sensibilité que la méthode ciblée. Associé aux technologies de séquençage actuelles, le séquençage de l'exome est la solution la plus efficace et rentable.

Une grande partie des mutations pertinentes se produit dans l'exome. En fait, l'exome contient jusqu'à 85 % de mutations liées aux maladies. Couvrant moins de 2 % du génome complet, le séquençage de l'exome nécessite uniquement 1/50ème du débit de séquençage pour générer la même profondeur de couverture. Le débit de séquençage inférieur requis par le séquençage de l'exome offre des options expérimentales flexibles :

1. Conversation de la même profondeur de couverture et multiplexage de plus d'échantillons dans le même canal, réduisant considérablement le coût total du projet ;

2. Augmentation de la profondeur de couverture pour faciliter la détection de mutations à basse fréquence rares ;

3. Toute combinaison de 1 et 2.

GENEWIZ a démontré son engagement indéfectible envers un service supérieur au fil des années, en devenant un leader mondial du séquençage de l'ADN et de la génomique. En outre, nous possédons une grande expérience et une vaste expertise dans les techniques de séquençage de nouvelle génération, telles que le séquençage de l'exome. Un chef de projet expert peut vous aider à déterminer les spécifications de votre projet afin d'optimiser ce dernier.

La métagénomique 16S est une technique qui utilise le séquençage de nouvelle génération d'amplicons pour cibler des régions hypervariables spécifiques du gène ARNr 16S.

La métagénomique 16S est utilisée pour identifier le type et l'abondance relative des espèces de bactéries et d'archées dans un échantillon. Il s'agit d'une technique très efficace pour le traitement d'échantillons hétérogènes, notamment de sol ou d'intestin, ou d'autres microbiomes.

Les techniques métagénomiques 16S utilisent une seule paire d'amorces pour cibler la région hypervariable V4 du gène ARNr 16S. Le séquençage 16S MetaVx™ va plus loin avec une conception d'amorce unique qui cible les régions hypervariables V3, V4 et V5 du gènes ARNr 16S.

Dans une analyse comparant le séquençage 16S MetaVx™ à la métagénomique 16S actuelle, le premier a fait preuve d'une sensibilité et d'une spécificité supérieures, identifiant uniformément plus d'espèces de bactéries et d'archées dans de nombreux échantillons.

De plus, les techniques métagénomiques 16S nécessitent une augmentation de l'ADN de 15 % ou plus afin de lutter contre la faible diversité de séquence inhérente à leur conception d'amplicons. Cela isole un très haut débit de séquençage avec une couverture non ciblée. En raison de la conception unique du séquençage 16S MetaVx™, aucune augmentation de l'ADN n'est requise et le débit de séquençage complet est consacré aux régions cibles uniquement.

Veuillez contacter l'équipe de gestion de projets pour consulter les résultats d'une analyse comparative, où des échantillons identiques sont séquencés dans des conditions identiques en utilisant les deux méthodes. Dans chaque cas, le séquençage 16S MetaVx™ a démontré des résultats supérieurs.

Un graphique circulaire détaillant le type et la relative abondance des espèces de bactéries et d'archées est fourni avec les données brutes.