標準RNA-Seq（ストランド情報なし）

標準的な遺伝子発現解析を目的としたRNA-Seqのオプションです。ライブラリ調製のオプションとして、poly-A選択法あるいはrRNA枯渇法によるrRNA除去が可能です。FFPE由来など、分解の進んだRNAサンプルに対してはrRNA枯渇法が推奨されます。ジーンウィズでは超微量のRNAに対するライブラリ調製 Ultra-Low Input RNA-Seqにも対応しています。

Strand-specific RNA-Seq（ストランド特異的）

ストランド特異的RNA-Seqでは、通常の発現解析に加え、RNAがセンス・アンチセンス鎖のどちらのDNA鎖から転写されるかが区別されます。アンチセンスRNAは遺伝子発現の調節に関与していることが示されており、ストランド特異的RNA-Seqでは遺伝子発現のより包括的な解析が可能になります。ノンコーディングRNAを含む、全遺伝子（small RNAを除く）の発現解析を目的とする場合は、ストランド特異的かつrRNA枯渇法によるライブラリ調製が標準仕様となります。

Single-Cell RNA-Seq

Single-cell RNA-Seq は、1,000~10,000細胞のオーダーで、細胞個々の遺伝子発現を調べます。標準的なRNA-Seqが全細胞にわたる平均的な遺伝子の発現状態を検出するのに対し、Single-cell RNA-Seqでは、細胞集団中における部分的な集団での発現特性の同定から、1つ1つの細胞レベルまで、遺伝子発現を高感度に検出することができます。

Small RNA-Seq

microRNAを含む小分子のノンコーディングRNA（Small RNA）は一般に標的遺伝子の発現を調節することで、発生、分化から細胞死まで多様な生命現象に関わっています。また類似のsmall RNAはトランスポゾンの抑制やウイルスへの防御としての機能も持っています。Small RNA-Seqではこれらsmall RNAの発現を網羅的に同定、解析します。