シングルセルRNAシーケンス解析


シングルセルRNAシーケンス解析(single-cell RNA-SeqまたはscRNA-Seq)は、 数千の個々の細胞の転写プロファイリングを取得し、異なる細胞亜集団内の トランスクリプトームの多様性を明らかにする技術です。マイクロ流体および分子 バーコーディングの進歩により、個々の細胞の転写プロファイリングは費用対効果が 高く、解釈が容易になりました。このレベルのスループット解析により、サンプル内で どの遺伝子がどのように発現し、どの程度異なるかを個々の細胞レベルで理解できます。

10x Genomics® ChromiumおよびIllumina® NovaSeq 6000をいち早く 導入したAzenta株式会社のGENEWIZのシングルセルRNA-Seqでは、最適化された ワークフローで、提出前の凍結保存や提出後の死細胞除去など、プロジェクトの柔軟性、 速度、データの精度を最大限に高めています。

ピコグラムのRNAまたはわずかな細胞でサンプルのバルク発現解析を行う場合は、 弊社の超微量RNA-Seq サービスをご利用ください。

 

  

RNAシーケンス解析(RNA-Seq)とシングルセルRNAシーケンス解析(scRNA-Seq)の違い

RNAシーケンス解析(RNA-Seq)は、細胞集団からRNAを抽出し、シーケンス解析することで、細胞集団全体の平均遺伝子発現レベルを 測定するために使用されます。一方、単一細胞RNAケンス解析(scRNA-Seq)は、個々の細胞レベルで遺伝子発現を分析するために使用され、 個々の細胞の全トランスクリプトームをシーケンス解析します。

 

シングルセルRNAシーケンス解析の仕組み

ScRNA-Seq は、シーケンス解析の前に個々の細胞を区画に分け、バーコード付きのライブラリーを作成することによって機能します。シーケンス解析データは細胞固有のバーコードに従って解析されます。

シングルセルシーケンス解析 ワークフロー

1. シングルセル化

細胞とバーコード付きのビーズが、 10x Genomics Chromiumを使用して 液滴中に分離されます

2. ライブラリ調製

ライブラリー作成の前に、各個々の 細胞に対して固有のバーコードが cDNAに付加されます。

3. シーケンス解析

バーコードを付けたライブラリを プールして、イルミナまたはMGIの 次世代シーケンサーを用いて 配列決定します。

4. データ解析

Cell Rangerによる標準解析。 *標準解析以外も承ります。

特長と利点

10x Genomics Chromiumをいち早く導入。 最適化したワークフローがプロジェクトの柔軟性、スピード、データの正確さを最大限に高めます。
死細胞の除去にも対応します。シングルセル解析では、細胞サンプルの良し悪しがデータの品質・信頼性に直結します。
Illumina NovaSeqを含め、最高のスループットを誇るシークエンシングプラットフォームが費用効果に優れたシングルセルの解析ソリューションを提供します。
適切な細胞凍結プロトコルが輸送時における細胞生存性を維持。簡便な試料の発送方法を提供しています。
細胞や逆転写後のシングルセルエマルジョン(GEM)、バーコード化した10x cDNAライブラリ、あるいは調製済みライブラリという、10xワークフローの異なる段階で試料を受け入れることで、ワークフローの最大限の柔軟性を実現しました。
シングルセル解析のより上流、新鮮組織からの細胞分散や凍結組織からの核抽出にも条件検討・パイロット実験から対応します。

サンプル提出ガイドライン

RNA-Seqプロジェクトでは出発材料として、total RNA(推奨)、mRNA、二本鎖cDNAのほか、細胞など各種サンプルも受け付けております。
詳しくは、サンプル提出ガイドラインをご覧ください。

 

納品物

解析なしオプションの場合:生データ(FASTQファイル)
標準解析込み:生データおよび遺伝子発現量、発現量比較解析、ジーンオントロジー・パスウェイ解析、新規転写産物・アイソフォーム同定、SNV/INDEL一覧
オプション解析:タンパク質間相互作用、発現ネットワーク解析、融合遺伝子、その他カスタム解析

次世代シークエンシングプラットフォーム

Azentaは、Illumina認定のサービスプロバイダーです。IlluminaのNovaSeq/HiSeqシリーズに加えて、10X GenomicsのChromium Controller、PacBioのSequelを使用したサービスもご提供しています。詳細は次世代シークエンシングプラットフォームのページをご覧ください>

注文方法


電子メール | 電話(03-6628-2950)